Sądy kwestionują praktykę organów podatkowych, które po wydaniu interpretacji ogólnej w sprawie wynagrodzeń liczonych do ulgi na badania i rozwój (B+R), masowo wygaszają interpretacje indywidualne w tym zakresie. Według WSA fiskus nie może wygaszać w całości interpretacji, które obejmują wiele zagadnień, nie tylko kwestię wynagrodzeń. Taka praktyka pozbawia bowiem podatników ochrony. Prawnicy podpowiadają, co zrobić w takiej sytuacji.

Problem dotyczy wydanej przez ministra finansów interpretacji ogólnej z 13 lutego 2024 r. (nr DD8.8203.1.2021), która miała rozwiązać wieloletnie spory dotyczące rozliczenia ulgi B+R. Minister przyznał, wbrew wcześniejszej praktyce fiskusa, że ulga B+R obejmuje też wynagrodzenie za okres usprawiedliwionej nieobecności w pracy, np. z powodu urlopu lub choroby. Jednak, mimo iż interpretacja jest korzystna dla podatników, to jej wydanie postawiło w trudnej sytuacji te firmy, które wcześniej otrzymały interpretację indywidualną. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej zaczął masowo wydawać postanowienia o wygaśnięciu w całości interpretacji indywidualnych, które dotyczyły różnych aspektów rozliczenia ulgi B+R, a tylko jedno z zadanych przez podatnika pytań odnosiło się do kosztów pracowniczych.

Sądy po stronie podatników
Teraz jednak nastąpił kolejny zwrot w sprawie, ponieważ wojewódzkie sądy administracyjne przyznają w tej kwestii rację podatnikom. Najnowszy przykładem jest wyrok WSA w Krakowie z 14 lutego 2025r. (sygn. I SA/Kr 971/24), w którym sąd uchylił postanowienie dyrektora KIS o wygaśnięciu interpretacji. Sąd orzekł, że jeśli zachodzi niezgodność tylko części interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną - organ powinien stwierdzić wygaśnięcie tylko części interpretacji. W pozostałym zakresie interpretacja indywidualna jest wciąż adekwatna względem obowiązujących przepisów i daje możliwości skorzystania z przypisanej jej ochrony. 
Sąd analizował art. 14e par. 1a pkt 2 ordynacji podatkowej, na podstawie którego dyrektor KIS może z urzędu stwierdzić wygaśniecie interpretacji indywidualnej, jeżeli jest ona niezgodna z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym. WSA orzekł, że fiskus powinien dokonać prawidłowego porównania interpretacji ogólnej i indywidualnej pod kątem stanu prawnego oraz tożsamości zagadnień podatkowych poruszanych w obu interpretacjach. Organ powinien prawidłowo ustalić, czy pomiędzy obiema interpretacjami zachodzi sprzeczność uzasadniająca zastosowanie art. 14e par. 1a pkt 2 ordynacji. 

Również WSA w Warszawie w wyroku z 21 stycznia 2025. (sygn. III SAM/a 2093/24) uchylił postanowienia wygaszające interpretację indywidualną, przyznając tym samym rację skarżącej spółce. Sąd stwierdził, że organ interpretacyjny błędnie uznał, że każdorazowo konieczne jest stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości, w szczególności, gdy w interpretacji indywidualnej zawartych jest kilka zagadnień, a jedynie jedno z nich jest sprzeczne ze stanowiskiem zawartym w interpretacji ogólnej, interpretacja indywidualna podlega wygaszeniu w całości. Ponownie rozpoznając sprawę, organ powinien stwierdzić wygaśnięcie interpretacji indywidualnej w takim zakresie, w jakim jest ona niezgodna z interpretacją ogólną.

Podatnicy mogą rozważyć dwa rozwiązania
- Należy oczywiście zgodzić się z orzeczeniami wojewódzkich sądów administracyjnych. Zakwestionowana przez sądy praktyka organów podatkowych prowadzi do sytuacji, w której z obrotu prawnego eliminowana jest znacząca część interpretacji indywidualnych w zakresie stanów faktycznych (zdarzeń przyszłych) niezwiązanych w żaden sposób z wydaną przez ministra finansów interpretacją ogólną. W efekcie podatnik nie może korzystać ze skutków ochronnych wydanej interpretacji indywidualnej. Co więcej - jak argumentują sądy - taka praktyka naraża na dodatkowe koszty zarówno podatników, jak też administrację podatkową - mówi Małgorzata Boguszewska, adwokat, założycielka Kancelarii Adwokackiej Małgorzata Boguszewska i Wspólnicy, pełnomocnik w obu sprawach. 

Wyjaśnia, że sądy WSA zaaprobowały przywołany w skargach wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 8 sierpnia 2023 r. (sygn. II FSK 1158/21),  zgodnie z którym "interpretacje indywidualne mogą swoim zakresem przedmiotowym obejmować wiele przepisów oraz zagadnień. Stąd też przyjęcie, że za każdym razem, gdy interpretacja indywidualna straci na aktualności tylko w określonym zakresie, organ może stwierdzić jedynie jej wygaśnięcie w całości jest bezzasadne". 

Jak powinni teraz postąpić przedsiębiorcy, których interpretacje indywidualne zostały wygaszone? Według Małgorzaty Boguszewskiej, każdą sprawę należy rozpatrywać indywidualnie.

- Podatnicy mają do wyboru dwa rozwiązania. Po pierwsze, mogą ponownie złożyć wniosek o wydanie interpretacji indywidualnej w zakresie tych zagadnień, które nie są przedmiotem interpretacji ogólnej. Takie rozwiązanie warto rozważyć w sytuacji, gdy we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej działalność firmy została przedstawiona bez szczegółów projektowych, a przedstawiony stan faktyczny/zdarzenie przyszłe warto było by odświeżyć.  Po drugie, mogą wystąpić na drogę sądową poprzez złożenie skargi na postanowienie o wygaśnięciu interpretacji do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego. Takie rozwiązanie powinni zastosować podatnicy, którzy otrzymali interpretację indywidualną dotyczącą konkretnego/konkretnych projektów B+R i wystąpili z wnioskiem o interpretację, by złożyć wniosek o zwrot nadpłaconego podatku za wcześniejsze lata - mówi Małgorzata Boguszewska. 

Skutki wydania interpretacji ogólnej
Przypomnijmy, że interpretacja ogólna ma charakter powszechny i wiążący. To oznacza, że organy podatkowe nie mogą wydawać indywidualnych interpretacji przepisów prawa podatkowego, które byłyby niezgodne z interpretacją ogólną, a podatnicy mogą powoływać się na nią w celu zabezpieczenia swoich praw i interesów. Interpretacja ogólna ma również moc obowiązującą od dnia jej ogłoszenia, co oznacza, że stosuje się do zdarzeń mających miejsce po tym dniu, a także do zdarzeń mających miejsce przed tym dniem, jeśli nie zostały one ostatecznie rozstrzygnięte przez organy podatkowe lub sądy administracyjne. 

Niestety, wydanie pozytywnej dla podatników interpretacji ogólnej przez MF, wprowadziło niemałe zamieszenie w kwestii wydawanych uprzednio interpretacji indywidualnych w zakresie ulgi B+R, a konkretnie kosztów pracowniczych. 

Żródło:
https://www.prawo.pl/podatki/czy-fiskus-moze-wygaszac-interpretacje-br-wyroki-wsa,531594.html