Wydana przez Ministra Finansów interpretacja ogólna z 13 lutego 2024 r. znak DD8.8203.1.2021 w zakresie możliwości zaliczenia do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej poniesionych przez podatnika w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych oraz sfinansowanych przez płatnika składek z tytułu tych należności określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych w związku z usprawiedliwioną nieobecnością pracownika, wydawała się dla podatników, korzystających z ulgi badawczo- rozwojowej uwieńczeniem trwających już wiele lat sporów podatników z organami podatkowymi i wydawanymi na korzyść przedsiębiorców wyroków WSA i NSA.

Wydanie interpretacji ogólnej przez Ministra Finansów potwierdziło możliwość zaliczania do kosztów kwalifikowanych ulgi B+R, wynagrodzenia urlopowego i chorobowego, które w dotychczasowej linii interpretacyjnej Krajowej Informacji Skarbowej nie zaliczało się do kategorii kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej i było podstawą negatywnych interpretacji w tym zakresie.

Negatywnym skutkiem wydanej interpretacji ogólnej z 13 lutego 2024 r. jest stosowana praktyka Krajowej Informacji Skarbowej w zakresie wygaszania interpretacji indywidualnych w drodze postanowienia w związku z niezgodnością z interpretacją ogólną, wydanych interpretacji. Należy zwrócić uwagę, że wielu przedsiębiorców uzyskało pozytywne interpretacje indywidualne, w zakresie prowadzonej działalności badawczo-rozwojowej i kosztów kwalifikowanych, w których tylko część dot. kosztów kwalifikowanych jako należności z tytułu usprawiedliwionych nieobecności pracownika, która została uregulowana w interpretacji ogólnej. I o ile interpretacje byłyby wygaszane tylko w części dotyczącej zaliczania składników wynagrodzenia chorobowego i urlopowego do kosztów kwalifikowanych, byłoby to działanie korzystne dla przedsiębiorców. Jednak Krajowa Informacja Skarbowa po 13 lutego 2024, wydaje postanowienia o wygaszeniu interpretacji w całości. Przede wszystkim to zakres interpretacji ogólnej wytycza granice, w których organ jest władny stwierdzić wygaśnięcie konkretnej interpretacji indywidualnej, w całości czy części. Należy zatem przyjąć, że wówczas gdy zachodzi niezgodność tylko części interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną - organ powinien stwierdzić wygaśnięcie tylko części interpretacji, bowiem w pozostałym zakresie wydana interpretacja indywidualna jest wciąż adekwatna względem obowiązujących przepisów i daje możliwości skorzystania z przypisanej jej ochrony.

Czy zatem podatnikom przysługuje ochrona prawna w zakresie pozostałych stanów faktycznych/ zdarzeń przyszłych,  w których Organ wydał już interpretację indywidualną i uznał zagadnienia prawne określone w zakresie pytań np. o prowadzeniu działalności B+R przez podatnika czy prawie do korzystania z ulgi i odliczania  pozostałych kosztów kwalifikowanych ulgi, przyznając przedsiębiorcy  możliwość skorzystania z przypisanej mu ochrony, i co jednocześnie nie zostało podważone w wydanych postanowieniach?

Pytanie do Dyrektora KIS w tym zakresie skierowała Spółka w interpretacji indywidualnej   30 września 2024 r. o sygn.0111-KDIB1-3.4017.3.2024.1.MBD: czy postanowienie o wygaśnięciu interpretacji indywidualnej z 27 maja 2024 r. dotyczy jedynie interpretacji indywidualnej, która została uznana za niezgodną z interpretacją ogólną Ministra Finansów z 13 lutego 2024 r. i w związku z tym w przedstawionym stanie faktycznym i zdarzeniu przyszłym Wnioskodawca nadal korzysta ze skutków ochronnych pozostałych interpretacji indywidualnych udzielonych Wnioskodawcy przez Dyrektora KIS w dokumencie sygn. 0114-KDIP2-1.4010.323.2023.2.MR1 z 18 sierpnia 2023 r.

Wnioskodawca powołał się w uzasadnieniu na wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego zawartym w wyroku z 5 maja 2017 r., sygn. akt I FSK 630/15: jeżeli odpowiedzi na jeden wniosek o wydanie interpretacji obejmujący kilka stanów faktycznych/zdarzeń przyszłych można udzielić w odrębnych pismach to każdy stan faktyczny/zdarzenie przyszłe zawarte we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej stanowi de facto odrębny wniosek o wydanie interpretacji indywidualnej, co uzasadnia pobieranie od każdego ze stanów faktycznych/zdarzeń przyszłych odrębnej opłaty.

W uzasadnieniu w/w interpretacji organ podatkowy wskazał, że „przepisy ordynacji podatkowej nie rozróżniają interpretacji indywidualnych na nieprawidłowe „w całości” oraz „nieprawidłowe w części”. Szef KAS może zmienić interpretację jeśli stwierdzi jej nieprawidłowość (w domyśle nieprawidłowa jest cała interpretacja, choćby nawet w części organ interpretacyjny miał rację), a jego decyzja poprzedzona jest analizą wniosku wnioskodawcy oraz analizą i weryfikacją interpretacji wydanej przez organ interpretacyjny. A zatem, przepisy Ordynacji podatkowej nie przewidują ani zmiany, ani wygaszania interpretacji w części. Zdaniem Dyrektora KIS w sytuacji gdy w interpretacji indywidualnej zawartych jest kilka zakresów, a jeden nich jest sprzeczny ze stanowiskiem zawartym w interpretacji ogólnej – interpretacja indywidualna podlega wygaszeniu w całości.

Jak podkreślił organ podatkowy: „odnosząc się do kwestii ochrony wynikającej z wygaszonej interpretacji należy zauważyć, że interpretacja z 18 sierpnia 2023 r. nr 0114-KDIP2-1.4010.323.2023.2.MR1 pomimo tego, że odpowiadała na 4 pytania, z których tylko jedno związane było z interpretacją ogólną z 13 lutego 2024 r., nr DD8.8203.1.2021 stanowiła jeden akt. „W tym względzie nie można zgodzić się z Państwa stanowiskiem, że pismem z 18 sierpnia 2023r. wydaliśmy kilka niezależnych interpretacji indywidualnych.”

Podsumowując Dyrektor KIS podkreślił,, że interpretacja indywidualna z 18 sierpnia 2023 jako jeden akt, poprzez wydanie postanowienia z 27 maja 2024 r., uległa wygaszeniu w całości.

Wygaszenie interpretacji pozbawia podatników ochrony prawnej – eliminowanie z obrotu prawnego interpretacji indywidualnych w zakresie B+R.

W naszej ocenie, należy zgodzić się z argumentacją Wnioskodawcy w powołanej interpretacji, że Stanowisko Wnioskodawcy było uzasadnione zasadą rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika zawartą w art. 2a Ordynacji podatkowej oraz względami słuszności. W przypadku przyjęcia, że postanowienie o wygaśnięciu interpretacji, dotyczy całego pisma Dyrektora KIS z 18 sierpnia 2023 r., Wnioskodawca w wyniku wydania teoretycznie korzystniejszej dla niego interpretacji ogólnej, znajduje się w sytuacji gorszej niż przed jej wydaniem,  gdyż od 27 maja 2024 r.(tj.  daty wydania postanowienia) nie może korzystać ze skutków ochronnych interpretacji indywidualnej,                      o których mowa w art. 14k § 1 Ordynacji Podatkowej, w zakresie zakwalifikowania swojej działalności jako badawczo-rozwojowej i kosztów z nią związanych jako kosztów kwalifikowanych.

Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 8 sierpnia 2023 r. sygn. II FSK 1158/21, który dodatkowo akceptując stanowisko Sądu pierwszej instancji z dnia 27 kwietnia 2021 r. sygn. III SA/Wa 1655/20, wskazał: „Jak trafnie zauważył Sąd pierwszej instancji, interpretacje indywidualne mogą swoim zakresem przedmiotowym obejmować wiele przepisów oraz zagadnień. Stąd też przyjęcie, że za każdym razem, gdy interpretacja indywidualna straci na aktualności tylko w określonym zakresie, organ może stwierdzić jedynie jej wygaśnięcie w całości jest bezzasadne”

Wyeliminowanie w całości wydanej interpretacji indywidualnej z obrotu prawnego, która nie jest sprzeczna w całości z wydaną interpretacją ogólną narusza zasadę zaufania podatnika do organu podatkowego. Pozostawienie w obrocie wydanego zaskarżanego postanowienia pozbawia przedsiębiorcę ochrony prawno-podatkowej o którą wnioskował, a której zagadnienia prawne w zakresie innych pytań nie są zupełnie związane z wydaną interpretacją ogólną z dnia 13 lutego 2024r.  i w dalszym ciągu podatnik powinien korzystać z przypisanej jej ochrony.

Praktycznie korzystniejsze dla podatników byłoby zawieranie każdego stanu faktycznego/zdarzenia przyszłego w odrębnym wniosku do organu wydającego interpretacje indywidualne, gdyż nie wiąże się to dla przedsiębiorców z dodatkowymi opłatami, natomiast zapobiega podobnym wątpliwościom w przyszłości. Zatem czy rozwiązaniem dla przedsiębiorców jest składanie wniosków o interpretację indywidulaną zawierających każdorazowo jedno pytanie?

Podsumowując, Krajowa Informacja Skarbowa w roku 2024 i 2025 wyeliminuje z obrotu prawnego znaczącą część  interpretacji indywidualnych w zakresie B+R.

Nie ulega wątpliwości, że podatnikom korzystającym z ulgi badawczo-rozwojowej nie pozostaje inny wybór, jak ponowne złożenie wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej w zakresie tych zagadnień, które nie są przedmiotem interpretacji ogólnej bądź wystąpienie na drogę sądową poprzez złożenie zażalenia na wydane postanowienie, a następnie skargi na wydane postanowienie o wygaśnięciu do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego.

Autor: Iwona Makosz, Prawnik w Kancelaria Adwokacka Małgorzata Boguszewska i Wspólnicy